Flensburgs Schifffahrtsmuseum ist in einem ehemaligen Zollpackhaus, einem spätklassizistischen zweigeschossigen Breitbau aus dem Jahre 1842/43 untergebracht. Wo einst die Waren aus Übersee lagerten, im alten Zollpackhaus am Hafen, befinden sich heute die Sammlungen des Schifffahrtsmuseums. Bereits im Mittelalter entwickelte sich Flensburg zu einer aufstrebenden Hafen- und Handelsstadt an der Ostsee. Ihre Schiffe, die einige Jahrhunderte unter dem Danebrog, der dänischen Nationalflagge segelten, befuhren alle Weltmeere.
Neue Wirtschaftszweige entstanden im 18. Jahrhundert mit dem Walfang vor Grönland und den Kolonialwarenhandel mit Westindien.